同時，這兩類股票也有許多的區別。

　　第一，交易期限不同。進入退市整理期的股票實際可交易時間是三十個交易日(其間公司股票全天停牌的，不計入三十個交易日內。但全天停牌的交易日總數最多不能超過5個交易日，以防止出現“停而不退”的情況)。之后上交所便會對該股票進行摘牌，并根據退市公司的選擇和申請，移至上交所退市公司股份轉讓系統或其他合格場外市場進行股份轉讓。而風險警示股票則沒有交易期限的規定。

　　第二，漲跌幅限制不同。退市整理股票價格的漲跌幅限制為10%，風險警示股票價格漲跌幅限制為5%。

　　第三，信息披露頻率不同。上市公司股票進入退市整理期后，公司需分別于其股票進入退市整理期前、整理期交易首日、整理期交易前二十個交易日中的每五個交易日、最后五個交易日的每日進行公告。風險警示股票，其信息披露頻率則與主板股票一致。

　　第四，信息公布不同。退市整理股票退市整理期間交易不納入上交所指數的計算。

　　上交所有關負責人特別提醒投資者交易退市整理期股票時，需要注意風險，理性投資，保障自身合法權益。